Come nella maggior parte dei paesi sardi, anche a Bolotana, le prime tracce di insediamento umano risalgono al periodo nuragico, Secondo lo storico Spano, nel territorio doveva esistere una popolazione fin dai tempi molto antichi, come dimostra il ritrovamento di alcune statuette votive presumibilmente di epoca fenicia. Più numerosi e certi i resti del periodo romano.
La prima notizia storica è del 1341 ed è contenuta in un documento conservato nella Biblioteca Vaticana: vengono citate le decime pagate dal Rettore di Bolotana per finanziare la guerra del Turchi.
Secondo una tradizione non molto attendibile Bolotana fu fondata intorno al 1300 da alcuni abitanti di Ottana fuggiti dal loro paese.
Bolotana viene citato nel 1388 nell'atto di pace fra Eleonora d'Arborea e Giovanni d'Aragona. Successivamente il paese appartenne agli aragonesi, a Salvatore d'Arborea nel Marchesato del Marghine e, infine, a Tellez-Giron dal quale furono riscattati, nel 1843, i diritti feudali.
Il maggior Sviluppo di Bolotana si ha tra la fine del 1500 e gli inizi del 1600. A questo periodo risalgono la ricostruzione della Chiesa di San Bachisio e la costruzione della parrocchia di San Pietro e del Convento dei Cappuccini.

(Tratto da: "Per conoscere il paese" - Amm. Com. 12-19 maggio 1991)